一種基于Yarn云平臺(tái)的基因啟發(fā)式多序列比對(duì)算法
所屬分類：技術(shù)論文
上傳者：wwei
文檔大小：4376 K
標(biāo)簽： 生物數(shù)據(jù) 并行計(jì)算 分布式計(jì)算架構(gòu)
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文檔介紹：提出一種基于Yarn云平臺(tái)的基因啟發(fā)式多序列比對(duì)算法。建立核酸替換等價(jià)矩陣作為基因啟發(fā)式數(shù)學(xué)模型，構(gòu)建Yarn云平臺(tái)邏輯架構(gòu)，通過對(duì)基因數(shù)據(jù)預(yù)處理、基因數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、基因序列比對(duì)、基因數(shù)據(jù)管理、基因數(shù)據(jù)分析等步驟，對(duì)數(shù)據(jù)分類保存，劃分錯(cuò)誤率較高的長(zhǎng)序列，得到多個(gè)較短的基因片段。對(duì)不同片段實(shí)施定位，將其中的變長(zhǎng)種子生成，進(jìn)行骨架構(gòu)建和孔隙填補(bǔ)，可以實(shí)現(xiàn)基因啟發(fā)式多序列比對(duì)。結(jié)果表明，設(shè)計(jì)的算法在不同數(shù)據(jù)集下處理時(shí)間縮短，多序列比對(duì)SP（Sum of Pairs）的分值較高，實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了該多序列比對(duì)方法具有很好的應(yīng)用價(jià)值。
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